Merci à tous les participants à la réunion d’avril!

Nous voulons remercier toutes les personnes qui ont contribué à la réussite de la rencontre d’avril: les présentateurs, les parrains, les participants et toutes les personnes qui travaillent derrière la scène à la réussite de MonBUG.
Nous sommes en train de finaliser la liste de présentateurs pour le mois de mai.
Nous allons aussi annoncer de nouveaux parrains prochainement! 🙂

La barre a été placée haute pour le niveau des présentations durant nos deux premières réunions en 2015.
Nous pensons pouvoir continuer sur notre lancée, et avoir d’autres présentations de haut calibre en mai.
Nous allons confirmer la date, et la liste des présentateurs d’ici une semaine ou deux.
Restez à l’écoute!

Nous avons reçu de bons retours sur l’auditorium plus grand, donc nous allons continuer de l’utiliser.
La salle a une capacité de 150 personnes, donc n’hésitez pas à venir avec tous vos collègues et amis.
Nous avons délibérément choisi d’avoir des rencontres de courte durée, mais vous pouvez rester après la fin de la réunion pour poursuivre la discussion.

Encore une fois, merci à tous nos présentateurs, et surtout à notre nouveau parrain, le Département de Génétique Humaine de McGill.

Nous avons laissé l’agenda du mois d’avril, mais nous allons afficher l’agenda du mois de mai prochainement.

Agenda de la réunion du 1er avril (L’agenda du mois de mai sera affiché prochainement.)

4:00 PM
Introduction et opportunité pour tous de faire des annonces, de poser des questions, ou de faire des commentaires – Alexis Blanchet-Cohen, IRCM

4:15 PM 
« Personalized Targeted Therapy for Refractory Childhood Cancers » – Mathieu Lajoie, PhD, CHU Ste-Justine

5:00 PM  
Pause (Collations et rafraîchissements)

5:15 PM 
« PyGeno: A Python package for Personalized Medicine and Proteogenomics » – Tariq Daouda, IRIC

5:45 PM 
Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur Git – Nicolas De Jay, Lady Davis Institute

Vous pouvez vous inscrire sur meetup.com: RSVP, en nous envoyant un courriel à info[@]monbug.ca, ou par tout autre moyen, du moment que l’on sache que vous allez assister à la réunion.

Nous sommes toujours à la recherche de nouveaux présentateurs que ce soit des présentateurs principaux, des étudiants qui veulent donner une présentation sur leur projet de session, ou encore un programmeur qui veut parler de sa librairie préférée.

Résumé pour la présentation principale

“In Canada, about 1500 pediatric cancers are diagnosed each year. Despite improvements in risk-based treatment protocols, ~20% of childhood cancer patients do not respond to current therapies and ultimately succumb to their disease, urging the need for new and more effective therapeutic approaches. Since individual tumours of the same clinical type harbour diverse sets of genomic alterations that drive oncogenesis and modulate drug response, personalized targeted therapy based on next generation sequencing may be a key to increase curerates and decrease treatment-related morbidity and mortality.

In this project, we implemented an automated pipeline to identify single nucleotide variants, indels, gene fusions, and copy number variations from DNA and RNA sequencing data. We use Perl wrappers to encapsulate well-established softwares (e.g. Bowtie2, STAR, PicardTools) and connect them using a common interface. Our goal is to detect prognostic markers and drug-actionable targets in a rapid and standardized way, going from biopsy to detailed tumour analysis within a clinically-relevant timeframe. Actionable variations are validated by re-sequencing or qPCR, detailed in a report with supportive information and communicated to the physician. Preliminary results on 10 cases indicate the feasibility and great potential of our approach; indeed, the final report can be in the treating oncologist’s hands in less than 8 weeks. This represents a first step towards the implementation of a targeted therapy program for children with relapse or refractory cancer.”

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